不動産を売ると税金はいくら？自宅・相続・投資用別に計算方法と5つの特例を解説

不動産を売って利益が出ると、その儲けに対して税金がかかります。

一方で、売却して利益が出なければ、原則として譲渡所得税はかかりません。

ただし、売買契約書の印紙税や抵当権抹消登記の登録免許税、仲介手数料にかかる消費税など、手続きに伴う費用・税金は利益の有無に関わらず発生する場合があります。

また税率は所有期間で2倍近く変わり、マイホームには最大3,000万円の控除がある一方で、投資用物件には使えないなど、物件の種類によって手取りは大きく変わります。

この記事では、自宅・相続・投資用それぞれのケースで税金がいくらかかるのか、計算方法と使える5つの特例、確定申告の流れまで、初めての方にもわかるよう順番に解説します。

不動産を売ると税金はいくらかかる？まずは結論

細かい計算に入る前に、不動産を売ったときの税金がどのように決まるのか、結論から押さえておきましょう。

ポイントは「利益が出たかどうか」「所有期間」「物件の種類」の3つです。

 

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売却益が出なければ譲渡所得税はかからない

不動産を売ったときの譲渡所得税は、売却額から取得費や譲渡費用を差し引いたあとに「譲渡所得（利益）」が残る場合にかかります。

単純に「買った金額より高く売れたか」ではなく、購入費用・売却費用・建物の減価償却などを反映して、最終的に利益が残るかどうかで判断されます。

そのため、手元に利益が残らなければ譲渡所得税は発生せず、「売れた金額」そのものに課税されるわけではありません。

売却益が出た場合の税率は20.315％または39.63％が目安

売却益が出た場合の税率は、その不動産を売った年の1月1日時点で所有期間が5年を超えるかどうかで決まります。

5年を超えていれば長期譲渡所得で20.315％、5年以下なら短期譲渡所得で39.63％です。

同じ利益でも所有期間が違うだけで税額がほぼ2倍変わるため、売る時期は慎重に判断する必要があります。

所有期間ごとの税率を整理すると、次のとおりです。

復興特別所得税は所得税額に2.1％が上乗せされるもので、上表の目安にはこれを含めています。

マイホームは3,000万円控除で譲渡所得税が0円になることもあるが純粋な投資用物件は原則使えない

自分が住んでいるマイホームを売る場合は、売却益から最高3,000万円を差し引ける特別控除が使えます。

そのため売却益が3,000万円以内なら、譲渡所得税が0円になるケースも珍しくありません。

ただしこの控除は居住用に限られ、賃貸目的で購入した投資用のマンションやアパートには原則として使えない点に注意が必要です。

不動産を売ったときにかかる税金の種類

不動産の売却でかかる税金は、売却の手続きそのものにかかるものと、売却益に対してかかるものの2種類に分けられます。

それぞれどのような税金なのかを整理しておきましょう。

手続きでは印紙税・抵当権抹消の登録免許税・仲介手数料の消費税がかかる

売却の手続き自体にも、利益の有無とは関係なくかかる税金があります。

代表的なものは次の3つです。

・印紙税 → 売買契約書に貼る税金で、2027年3月31日までは軽減税率が適用される

・登録免許税 → 住宅ローンを完済して抵当権を抹消する際にかかり、不動産1件につき1,000円

・消費税 → 不動産会社に支払う仲介手数料に対してかかる

これらは数千円から数万円程度で、利益にかかる譲渡所得税に比べれば小さい金額です。

なかでも印紙税は契約金額で決まり、2027年3月31日までの契約書には軽減税率が適用されます。

なお、電子契約で締結した場合は印紙税自体がかかりません。

売却益には譲渡所得税（所得税・住民税・復興特別所得税）がかかる

売却益（譲渡所得）に対してかかる税金は、まとめて「譲渡所得税」と呼ばれます。

中身は所得税・住民税・復興特別所得税の3つで構成されています。

復興特別所得税は東日本大震災の復興財源として2037年まで上乗せされる税金で、所得税額の2.1％が加算されます。

土地の売却は消費税がかからないが、売却益には譲渡所得税がかかる

個人が土地を売る場合、その売却代金に消費税はかかりません。

土地の譲渡は、消費税法上の非課税取引とされているためです。

一方、建物部分は売主が事業者かどうかなどで扱いが変わり、課税対象になることもあるため、土地・建物をまとめて売る場合は内訳にも注意が必要です。

ただし消費税の扱いと売却益への譲渡所得税は別の話で、土地でも利益が出れば譲渡所得税は発生します。

不動産を売る税金を計算する3ステップ

譲渡所得税は、次の3つのステップを順番にたどることで正確に計算できます。

まず利益を出し、特別控除を引き、最後に税率をかける、というシンプルな流れです。

①譲渡所得を「売却額－取得費－譲渡費用」で計算する

最初のステップは、利益にあたる譲渡所得を計算することです。

計算式は「売却額 － 取得費 － 譲渡費用」で、取得費は購入代金や購入時の諸費用、譲渡費用は仲介手数料など売るためにかかった費用を指します。

この時点で結果がマイナスになれば、譲渡所得税はかかりません。

②使える特別控除を差し引いて課税譲渡所得を求める

次に、譲渡所得から使える特別控除を差し引いて「課税譲渡所得」を求めます。

代表例がマイホームの3,000万円特別控除で、これを引いた後の金額が実際に課税される対象になります。

控除を引いて0円以下になれば、課税譲渡所得もゼロとして扱われます。

③所有期間5年超か5年以下かで決まる税率をかける（20.315％／39.63％）

最後に、課税譲渡所得へ税率をかけて税額を確定します。

税率は所有期間で決まり、5年超なら20.315％、5年以下なら39.63％です。

ここで注意したいのが所有期間の数え方で、実際の保有年数ではなく「売った年の1月1日時点」で5年を超えているかどうかで判定されます。

たとえば、売却額3,000万円、取得費2,000万円、譲渡費用100万円の場合、譲渡所得は900万円です。

特別控除が使えない投資用不動産で所有期間が5年超なら、税額の目安は900万円×20.315％＝約183万円です。

5年以下なら900万円×39.63％＝約357万円となり、売却時期だけで約174万円の差が出ます。

このように、投資用不動産の売却タイミングは手取りを大きく左右するため、出口戦略の一部として早めに検討しておくことが大切です。

取得費は減価償却・概算5％・相続の引き継ぎで金額が変わる

取得費は計算結果を大きく左右するため、考え方を正しく押さえることが重要です。

ポイントは次の3つです。

特に取得費が不明だと概算5％になり、利益が大きく計算されて税金が高くなりがちです。

なお、取得費が不明な場合だけでなく、実際の取得費が売却額の5％より少ない場合も、売却額の5％を概算取得費として使えます。

不動産を売る税金を抑えられる5つの特例

不動産の売却では、要件を満たせば税負担を大きく減らせる特例が複数用意されています。

ここでは特に使われることの多い5つの特例を、対象や効果とあわせて見ていきましょう。

まず全体像を表で確認します。

いずれの特例も適用要件が細かく定められているため、自分のケースで使えるか迷う場合は税理士や所轄税務署に確認することをおすすめします。

マイホームを売ると譲渡所得から最高3,000万円を控除できる

マイホームを売ったときは、所有期間の長短に関わらず譲渡所得から最高3,000万円を控除できます。

売却益が3,000万円以内に収まれば、課税譲渡所得は0円となり譲渡所得税はかかりません。

ただし、マイホーム売却後に新居で住宅ローン控除を使う場合、3,000万円控除との併用が制限されることがあります。

買い替えを伴う場合は、売却時の特例と購入後の住宅ローン控除のどちらを優先するか、事前に確認が必要です。

所有期間10年超のマイホームは軽減税率を使える

売った年の1月1日時点で所有期間が10年を超えるマイホームは、軽減税率の特例を使えます。

3,000万円控除を引いた後の課税長期譲渡所得のうち、6,000万円以下の部分は14.21％まで税率が下がります。

3,000万円控除と併用できるため、利益が大きいマイホームの売却では特に効果が大きい特例です。

相続した空き家を売るときも最高3,000万円を控除できる

相続した親の実家などを売る場合も、要件を満たせば最高3,000万円を控除できる空き家特例があります。

昭和56年5月31日以前に建てられた家であることや、2027年12月31日までに売ることなどが主な条件です。

相続人が3人以上の場合は1人あたりの控除額が2,000万円に下がる点も押さえておきましょう。

マイホームの買換え特例は非課税ではなく課税の繰延べ

マイホームを売って新しい家に買い換える場合は、買換え特例で売却益への課税を先送りできます。

ただしこれは税金が免除される「非課税」ではなく、あくまで将来へ課税を繰り延べるだけの制度です。

3,000万円控除や軽減税率とは選択適用となり、どちらが得かは利益額や買い替え後の計画によって変わります。

売却で損失が出たら損益通算と繰越控除で税負担を軽減できる場合がある

売却して損失が出たマイホームでは、損益通算と繰越控除で税負担を軽減できる場合があります。

その年の給与など他の所得と損失を相殺でき、引ききれない分は翌年以降3年間繰り越せます。

所有期間5年超などの要件はありますが、給与所得者なら源泉徴収された所得税が還付される可能性があります。

投資用不動産を売る人が税金で損しやすい理由

投資用不動産は、マイホームとは税金の仕組みが大きく異なります。

その違いを知らないまま売ると損をしやすく、ここでは特に注意すべき3つの理由を解説します。

居住用の3,000万円特別控除は純粋な投資用物件には原則使えない

投資用不動産で最も注意したいのが、マイホーム向けの3,000万円特別控除を使えないことです。

この控除は、最初から賃貸目的で購入した投資用マンションやアパートには原則として使えません。

ただし、もともと自宅として住んでいた物件を転居後に一時的に賃貸していた場合などは、住まなくなってから3年を経過する日の属する年の12月31日までに売れば、賃貸期間があっても3,000万円控除の対象になる可能性があります。

そのため同じ売却益でも、純粋な投資用物件はこの控除を使えず、マイホームより譲渡所得税が高くなりやすい構造になっています。

減価償却で帳簿上の取得費が下がり売却益が出やすい

投資用物件は保有中、建物部分を減価償却費として毎年経費に計上していきます。

その分だけ売却時の取得費は帳簿上どんどん下がるため、購入額に近い価格で売っても売却益が出やすくなります。

「買ったときと同じくらいの値段なのに税金がかかった」という事態は、この減価償却が原因であることがほとんどです。

なかでもワンルームマンション投資は建物割合が高く売却益が出やすいため、損しやすい仕組みを理解したうえで売却を判断することが欠かせません。

短期売却は税率が高く売却時期で手取りが変わる

所有期間が5年以下の短期売却では、税率が39.63％と長期の約2倍になります。

所有期間は売った年の1月1日時点で判定されるため、わずかな売却時期のずれで税率が倍近く変わることもあります。

売却益が大きい投資用物件ほど、長期譲渡所得になるタイミングまで待つかどうかで手取り額が大きく変わります。

不動産を売った後の税金はいつ払う？確定申告の流れ

税額の目安がわかったら、次に気になるのが「いつ・どうやって払うのか」という点です。

ここでは売却後の確定申告から、所得税・住民税の納付までの流れを確認します。

売却した翌年に確定申告が必要になる

不動産を売って利益が出た場合は、売却した翌年に確定申告を行います。

申告期間は原則として翌年の2月16日から3月15日までで、所得税はこの申告に合わせて納付します。

会社員で普段は確定申告が不要な人でも、譲渡所得があれば年末調整とは別に自分で申告する必要があります。

特例で譲渡所得税が0円になる場合も確定申告は必要

3,000万円控除などの特例を使って譲渡所得税が0円になる場合でも、確定申告は必要です。

特例は申告して初めて適用されるもので、何もしなければ控除を受けられず譲渡所得税がかかってしまいます。

「0円だから申告しなくてよい」と誤解して放置すると、後から本来の税額に延滞税が加わる恐れがあります。

住民税は翌年6月以降に納付が始まる

所得税を3月に納めた後、住民税は少し遅れて翌年の6月以降に納付が始まります。

確定申告をしていれば住民税の手続きは別途不要で、市区町村から届く納付書などで支払います。

所得税を払った時点で完了したと思い込み、6月の住民税で慌てるケースが多いため、資金は残しておきましょう。

不動産を売る税金でよくある質問

最後に、不動産売却の税金について特に質問の多いポイントを、具体的な金額やケース別にまとめて回答します。

ご自身の状況に近いものから確認してみてください。

不動産を1,000万円で売ったら税金はいくら？

1,000万円で売っても、取得費と譲渡費用の合計がそれを上回れば利益は出ず、譲渡所得税はかかりません。

たとえば取得費と費用の合計が800万円なら譲渡所得は200万円となり、長期なら約40万円（200万円×20.315％）が目安です。

取得費がわからず概算5％（50万円）になると利益が大きく計算され、税額も増えてしまいます。

家を5,000万円で売ったら税金はいくら？

マイホームを5,000万円で売る場合、3,000万円控除が使えれば譲渡所得税が0円になることもあります。

取得費4,000万円・譲渡費用200万円なら譲渡所得は800万円で、3,000万円控除を引くと課税対象はゼロです。

一方、同じ条件でも投資用物件は控除が使えず、800万円の利益に税率がかかる点が大きな違いです。

相続した実家を売ると税金はかかる？

相続した実家は、亡くなった親の取得費と取得時期をそのまま引き継いで計算します。

購入時の契約書が残っていれば取得費を使えますが、不明だと概算5％となり税金が高くなりがちです。

空き家特例の3,000万円控除や、相続税を取得費に加える取得費加算の特例が使えないかも確認しましょう。

取得費がわからないと税金は高くなる？

取得費がわからない場合は、売却額の5％を取得費とみなす概算取得費で計算します。

実際の購入額が売却額の5％より大きいケースがほとんどなので、利益が過大に計算され税金は高くなります。

購入時の契約書や通帳の記録など、取得費を裏付ける資料が見つかれば税負担を下げられる可能性があります。

不動産を売って税金がかからないのはどんなケース？

譲渡所得税がかからない代表的なケースは、そもそも売却益が出ていない場合です。

加えて、マイホームの3,000万円控除や空き家特例を使って課税譲渡所得がゼロになる場合も、譲渡所得税はかかりません。

ただし印紙税など手続きに伴う税金は別途かかる場合があり、特例で0円になるケースは確定申告をして初めて成立するため、申告そのものは忘れないようにしましょう。

まとめ：不動産を売る税金は物件の種類・所有期間・特例で大きく変わる

不動産を売ったときの税金は、まず利益（売却益）が出ているかどうかで有無が決まります。

利益が出た場合の税率は所有期間で20.315％か39.63％に分かれ、売る時期だけで手取りが大きく変わります。

マイホームには3,000万円控除や軽減税率といった強力な特例がある一方、投資用物件はこれらが使えず、減価償却の影響で利益も出やすい点に注意が必要です。

特例の多くは確定申告をして初めて適用されるため、自分のケースで使える制度を早めに確認し、必要に応じて税理士や税務署に相談しながら、申告漏れや特例の使い忘れを防ぐことが大切です。

特に投資用不動産の売却では、税金だけでなく売却価格・ローン残債・仲介手数料まで含めて、最終的な手取りと出口戦略を確認することが重要です。

※本記事は2026年6月時点の税制に基づく一般的な解説であり、個別の税額や適用可否を保証するものではありません。実際の申告にあたっては税理士や所轄税務署にご確認ください。

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